菌丝是由细胞构成的细长管状结构单位，它具有末端生长性，末端可以不断伸长，也可以分支。菌丝是构成大多数真菌的基本结构单位，另外还有部分真菌是单细胞的。
真菌的生活史从孢子开始。孢子萌发后形成一根菌丝，这根菌丝多次分支，形成的一团菌丝网络称作菌丝体。菌丝体一般生活在土壤里或落叶层、朽木中。虽然通常情况下仅菌丝的末端可以生长，但菌丝体各部分具有潜在的生长能力，取出一小段菌丝可以重新发育为完整的菌丝体。环境合适时，菌丝会交织、分化，并形成子实体。
在英文中，菌丝通常做复数使用（hyphae）。