早期的蘑菇物种鉴定中，由于纯粹基于形态学、物种定义不明晰、物种的模式标本遗失等等原因，我国的一些物种被长期冠以另一个物种的名字，直到近年系统发育学研究发展后才被证明是其他物种甚至新物种。下面整理了一些如此的物种。
黑木耳Auricularia heimuer 这个被广泛栽培的物种曾被认为是犹大木耳A. auricula-judae，直至2014年才证明它是一个独立的物种，命名为黑木耳。它和犹大木耳的区别是它的菌肉中部有髓，担孢子更小，不育面上的毛更短，且后者在我国没有分布。
↗参考文献链接：Fang Wu, Yuan Yuan, Vera Malysheva, Ping Du, Yu Cheng Dai. 2014. Species clarification of the most important and cultivated Auricularia mushroom “Heimuer”: evidence from morphological and molecular data. Phytotaxa 186(5):241
毛木耳Auricularia cornea 这个被广泛栽培的物种曾被认为是多毛木耳A. polytricha，多毛木耳现在是长毛木耳A. nigricans的异名，它的模式产地在北美洲。基于形态学和系统发育学成果，我国甚至世界范围内广泛分布的“毛木耳“应该是A. cornea这个种。
↗参考文献链接：吴芳. 2016. 木耳属的分类与系统发育研究. 北京林业大学博士学位论文
冬荪Phallus dongsun 冬荪是一种可食用可栽培的白色鬼笔。它曾被长期冠以白鬼笔P. impudicus之名，事实上白鬼笔的模式产地位于欧洲，在我国可能没有分布。相比冬荪，白鬼笔菌盖上的网格更浅，担孢子更为瘦长。
↗参考文献链接：Ting Li et al. 2020. Phallus dongsun and P. lutescens, two new species of Phallaceae (Basidiomycota) from China. Phytotaxa 443(1):19-37
纯黄竹荪Phallus luteus和变黄竹荪P. lutescens 这两个物种在我国曾被认为是黄裙竹荪（杂色竹荪）P. multicolor，后来证明黄裙竹荪仅分布于大洋洲，我国的黄色菌裙的鬼笔物种主要是这两者。纯黄竹荪体型较大，可达24cm高，菌盖（除去孢液后）淡黄色至橙黄色，菌裙一直为鲜黄色且常触地，假菌柄白色至淡黄色，菌托粉色至紫红色。变黄竹荪高达13cm，菌盖淡黄色，菌裙幼年白色至淡黄色，随着成熟变鲜黄色至深黄色，占假菌柄2/3以上长度但不碰地，假菌柄白色至奶油色，菌托白色、灰黄色至淡粉色。黄裙竹荪菌盖橙黄色，菌裙鲜黄色至橙黄色，占假菌柄长度1/2，假菌柄淡奶油黄色。纯黄竹荪和变黄竹荪可食用。
↗参考文献链接：Ting Li et al. 2020. Phallus dongsun and P. lutescens, two new species of Phallaceae (Basidiomycota) from China. Phytotaxa 443(1):19-37
李挺，李泰辉，邓旺秋，宋斌. 2020. 中国华南及其周边地区分布的两种鬼笔学名订证. 食用菌学报. 27(04)
齿缘竹荪Phallus serratus 这个物种在我国曾被认为是长裙竹荪P. indusiatus，后来证明（至少我国云南的个体）是新物种，命名为齿缘竹荪。长裙竹荪在我国可能没有分布。齿缘竹荪的菌盖近“半个鸡蛋”形，去除孢液后的菌盖近白色，菌裙的孔洞边缘锯齿状；长裙竹荪的菌盖钟形，去除孢液后的菌盖暗黄色，菌裙孔洞边缘非锯齿状。
↗参考文献链接：Huili Li et al. 2020. New species of Phallus from a subtropical forest in Xishuangbanna, China. Phytotaxa 163(2):91-103
细皱鬼笔Phallus rugulosus 这个物种在我国曾被认为是红鬼笔P. rubincundus，后来证明红鬼笔在我国可能没有分布，我国的“红鬼笔”均是细皱鬼笔的误定。细皱鬼笔菌柄向上渐细，常弯曲，常带橙色调；红鬼笔的菌柄基本等粗，通常直立，粉红色。
↗参考文献链接：李挺，李泰辉，邓旺秋，宋斌. 2020. 中国华南及其周边地区分布的两种鬼笔学名订证. 食用菌学报. 27(04)
东亚冬菇（丝盖冬菇，金针菇）Flammulina filiformis 东亚冬菇，即市场上常见的“金针菇”的野生型，过去长期被认为是毛脚冬菇（欧洲冬菇）F. velutipes，后来证明欧洲冬菇在我国没有分布，我国最主要的物种是东亚冬菇。东亚冬菇的菌盖皮层由细的不分枝菌丝组成，担孢子较小，个体较小；而毛脚冬菇的菌盖皮层由较粗的分叉菌丝组成，担孢子较大，个体较大。
↗参考文献链接：Panmeng Wang et al. 2018. Phylogeny and species delimitation of Flammulina: taxonomic status of winter mushroom in East Asia and a new European species identified using an integrated approach. Mycological Progress 17(9): 1013–1030
白牛肝菌Boletus bainiugan及近缘种 在我国西南地区有分布的白牛肝菌、食用牛肝菌B. shiyong、中华美味牛肝菌B. sinoedulis、等物种曾被误认为是美味牛肝菌B. edulis。美味牛肝菌主要分布在欧洲和亚洲高纬度地区（含我国东北地区），在我国西南地区并无分布。
↗参考文献链接：Yang-Yang Cui et al. 2015. Porcini mushrooms (Boletus sect. Boletus) from ChinaPorcini mushrooms (Boletus sect. Boletus) from China. Fungal Diversity 81(1)
兰茂牛肝菌Lanmaoa asiatica 兰茂牛肝菌，即红葱菌，曾一度被误认为美洲的一些物种：双色薄瓤牛肝菌Baorangia bicolor（=双色牛肝菌Boletus bicolor）、敏感牛肝菌
Boletus sensibilis等。2013年才证明它是一个独立的物种。
↗参考文献链接：Gang Wu et al. 2015. Four new genera of the fungal family Boletaceae. Fungal Diversity 81(1):1-24
玫黄黄肉牛肝菌Butyriboletus roseoflavus 玫黄黄肉牛肝菌，即白葱菌，60年以来一度被误认为欧洲、美洲的一些物种：桃红黄肉牛肝菌Butyriboletus regius、小美牛肝菌Boletus speciosus、缘盖黄肉牛肝菌Butyriboletus appendiculatus等。2013年才证明它是一个独立的物种。
↗参考文献链接：Haibo Li et al. 2013. Boletus roseoflavus, a new species of Boletus in section Appendiculati from China
灵芝Ganoderma lingzhi及近缘种 我国的灵芝、重伞灵芝G. multipileum、四川灵芝G. sichuanense等物种长期被当成亮盖灵芝G. lucidum这个物种，直到2012年我国最广泛种植的灵芝物种才被命名并发表，命名为G. lingzhi，下文所称的灵芝均指此物种。亮盖灵芝主要在欧洲有分布，在我国北方及西南地区有零星分布，在北美洲报道也有（属外来物种）。
亮盖灵芝和灵芝的主要区别是其成熟菌孔偏白，而灵芝的成熟菌孔淡黄色至硫黄色；其菌孔相比灵芝来说，更常和周围的菌孔融合在一起；其菌盖上常有“蜿蜒起伏的脊”（我不太理解什么意思，可能是像下图的菌盖那样），灵芝通常没有；灵芝菌肉普遍有苦味，而对1份亮盖灵芝标本的品尝并未发现苦涩味（样本量太小可能不具普遍性）。
灵芝（左2图）和亮盖灵芝（右图）。“蜿蜒起伏的脊”可能指右图中的菌盖形态。来源：Zhou et al. 2015
另外，灵芝和四川灵芝两个名称的有效性曾有争议。Cao et al. 2012发表灵芝这个名称时，测了四川灵芝模式标本的ITS序列，并发现它与灵芝的序列有差异。仅1个月后，Wang et al. 2012对四川灵芝模式标本测序失败了，因此他们将一些近期从四川地区采集的标本当作四川灵芝，他们发现这些标本和我国广泛栽培的“灵芝”是同一个物种（即灵芝本种）。随后Yao et al. 2013指定了一份近期从四川地区采集的标本作为四川灵芝的附加模式，这份标本和灵芝完全一样，因此他们认为灵芝是四川灵芝的异名，截至2023年7月23日Species Fungorum上依然保持这样的处理方式。鉴于Cao et al. 2012成功从四川灵芝模式标本中获取了序列，说明模式标本并无争议，不符合《国际藻类、真菌、植物命名法规》中规定的可指定附加模式的条件，因此此附加模式无效。按照Cao et al. 2012获取的ITS序列，两者应该是不同的物种。
↗参考文献链接：Yun Cao et al. 2012. Species clarification of the prize medicinal Ganoderma mushroom “Lingzhi”. Fungal Diversity volume 56, pages49–62
Wang X-C, Xi R-J, Li Y, Wang D-M, Yao Y-J. 2012. The Species Identity of the Widely Cultivated Ganoderma, ‘G. lucidum’ (Ling-zhi), in China. PLoS ONE 7(7): e40857
Yi-Jian Yao, Xin-Cun Wang, Bo Wang. 2013. Epitypification of Ganoderma sichuanense J.D. Zhao & X.Q. Zhang (Ganodermataceae). Taxon 62(5): 1025-1031
Li-Wei Zhou et al. 2015. Global diversity of the Ganoderma lucidum complex (Ganodermataceae, Polyporales) inferred from morphology and multilocus phylogeny. Phytochemistry, 114, 7–15
Florian Hennicke et al. 2016. Distinguishing commercially grown Ganoderma lucidum from Ganoderma lingzhi from Europe and East Asia on the basis of morphology, molecular phylogeny, and triterpenic acid profiles. Phytochemistry, 127, 29–37
蝉花Cordyceps chanhua 包括蝉花在内的许多真菌，当它们产生有性孢子和无性孢子时的形态存在差异，这两种形态分别称为有性型和无性型。有性型和无性型很少同时出现，早期它们经常被当成两个物种，直至系统发育学发展后才证明两者是同一物种的不同形态。蝉花的有性型很难见到，菌物学家曾将小蝉草Cordyceps sobolifera、大蝉草Tolypocladium dujiaolongae、小林虫草Cordyceps kobayasii等物种当成蝉花的有性型，事实上它们和蝉花并无关系。有性型寻踪难觅，因此只能从蝉花的无性型入手研究，形态学上蝉花接近于巴西的一个物种蝉棒束孢Isaria cicadae，所以长期以来蝉花都被冠以了蝉棒束孢的名称。一些学者还将 Cordyceps cicadae这个物种当作Isaria cicadae的有性型，因此有些时候蝉花也被称为Cordyceps cicadae。2021年，我国学者采集到了有性型和无性型生长在同一个蝉体上的蝉花标本，借此机会进行了形态学和系统学的研究，证明蝉花是一个独立的物种，命名为Cordyceps chanhua。
↗参考文献链接：李增智等. 2021. 与蝉花有关的虫草菌生物多样性的研究 II：重要药用真菌蝉花有性型的发现及命名. 菌物学报 40(1): 95-107
草鸡㙡Amanita caojizong 首先，草鸡㙡与鸡㙡并无瓜葛，它们只是形态略为相似而已。
在我国俗称为“草鸡㙡”的物种，曾被长期以来被冠以隐花青鹅膏A. manginiana之名，事实上比对隐花青鹅膏的原白，与“草鸡㙡”不符。2018年，我国学者将“草鸡㙡”发表为一个新物种，并直接以俗称将其命名为草鸡㙡Amanita caojizong（或草鸡㙡鹅膏）。隐花青鹅膏的模式标本有缺损，是一个定义不明晰的物种。
另外，草鸡㙡、真·隐花青鹅膏与其他几个相似物种，包括假褐云斑鹅膏、假隐花青鹅膏等构成一个复合群，这些物种形态上非常相似，宏观几乎无法区分，且一些物种可食用，一些物种有毒，建议避免食用这一类蘑菇。
↗参考文献链接：Yang-yang Cui et al. 2018. The family Amanitaceae: molecular phylogeny, higher-rank taxonomy and the species in China. Fungal Diversity 91(3)
墨水菌（蓝紫蜡蘑）Laccaria moshuijun 在过去，我国所有蓝紫色调的蜡蘑属物种都被当作紫晶蜡蘑L. amethystina，紫晶蜡蘑实际仅在欧洲有分布。我国的物种在2017年被发表为新物种，以其俗名命名为墨水菌L. moshuijun，也称为蓝紫蜡蘑。它和紫晶蜡蘑的区别是紫晶蜡蘑缺乏褶缘囊状体，而蓝紫蜡蘑拥有褶缘囊状体。
↗参考文献链接：Lucie Vincenot et al. 2017. Out of Asia: biogeography of fungal populations reveals Asian origin of diversification of the Laccaria amethystina complex, and two new species of violet Laccaria. Fungal Biology 121(11):939-955
凸顶红黄鹅膏Amanita rubroflava及近缘 在过去，我国许多菌盖橙色、红色、黄色调的橙盖组sect. Caesareae鹅膏物种都被鉴定为橙盖鹅膏。这些物种的共同特征是菌盖红色、橙色至黄色调，菌盖边缘有沟纹，菌柄基部有白色袋装菌托，有菌环。1950年，俄罗斯报道了一个新物种：菌盖中部凸起的拟橙盖鹅膏A. caesareoides。后续的研究证明橙盖鹅膏是仅在欧洲地区有分布的物种，相对拟橙盖鹅膏，它的菌盖中间不凸出，菌盖边缘的沟纹更短，菌柄更短粗，担孢子更大。故而，我国的这些物种又被挂上了拟橙盖鹅膏的名号。2018年的一项研究证明，我国的这些物种包含了至少6个物种，其中真正的“拟橙盖鹅膏”仅在高纬度地区（黑龙江、辽宁等）有分布，我国西南地区的物种主要是凸顶红黄鹅膏，另外还有下列物种：红黄鹅膏（双色鹅膏）A. hemibapha、假红黄鹅膏（假双色鹅膏）A. subhemibapha、红缘鹅膏A. rubromarginata和爪哇鹅膏近缘种A. cf. javanica。它们的区别见下表。
↗参考文献链接：Yang-yang Cui et al. 2018. The family Amanitaceae: molecular phylogeny, higher-rank taxonomy and the species in China. Fungal Diversity 91(3)
Li-Ping Tang et al. 2017. Notes on Amanita section Caesareae from Malaysia. Mycologia 109(4)
杨祝良. 2015. 中国鹅膏科真菌图志. 北京：科学出版社
卵孢长根菇（卵孢小奥德蘑）Hymenopellis raphanipes 卵孢小奥德蘑是市场上一种广泛栽培的蘑菇，商品名“黑皮鸡㙡”，它在野外也很常见，俗称“露水鸡㙡”。长期以来，它被认为是欧洲的长根菇Hymenopellis radicata或美洲的鳞柄长根菇Hymenopellis furfuracea，甚至有时被当成真正的鸡㙡（蚁巢伞属Termitomyces spp.），其实两者的差异很大：长根菇类的菌盖和菌柄通常褐色调，菌盖湿润时黏滑，菌褶较稀疏；鸡㙡的菌盖颜色多样，菌柄一般白色，菌盖不黏且中部常有凸起，菌褶密集。2016年，基于形态和系统发育学证据，这个物种的身份才被查明。
↗参考文献链接：Yan-Jia Hao et al. 2016. What is the radicate Oudemansiella cultivated in China ?. Phytotaxa 286(1)
鸡㙡（蚁巢伞属）Termitomyces spp. 在过去，我国的“鸡㙡”常被误认为Termitomyces albuminosus这个物种。根据Pegler(1972)对模式标本的研究，模式标本虽然状态很差，但其孢子厚壁，类糊精质，顶部有一个芽孔，因此他将此物种转移到大环柄菇属，即Macrolepiota albuminosa。因此鸡㙡有时也被冠以Macrolepiota albuminosa的名称。实际上，鸡㙡是蚁巢伞下多个物种的统称。
↗参考文献链接：D. N. Pegler. 1972. A Revision of the Genus Lepiota from Ceylon. Kew Bulletin 27(1): 155-202
四川疣钉菇Turbinellus szechwanensis 这个物种在过去被错误鉴定为毛钉菇Turbinellus floccosus。事实上，早在20世纪，就有国内外学者指出我国的“毛钉菇”与模式产地北美洲的毛钉菇并非同一物种，并发表了新种，但后来这个新种被合并到毛钉菇中。2023年，基于形态和分子证据，确认这个物种的确与毛钉菇有差异，因此再度被独立出来。我国大概率没有真正的毛钉菇分布。
↗参考文献链接：Xue‐Ping Fan et al. 2023. Phylogeny, Taxonomy and Evolutionary Trade-Offs in Reproductive Traits of Gomphoid Fungi (Gomphaceae, Gomphales). Journal of Fungi 9(626)
紫罗兰钉菇Gomphus violaceus、东方钉菇G. orientalis和马蹄菌G. matijun 在我国紫色调的钉菇，此前多定为紫陀螺菌Gomphus clavatus（=Gomphus purpuraceus）。近年的系统发育学研究表明，我国的“紫陀螺菌”实际包含多个物种，除了真正的紫陀螺菌外，还有紫罗兰钉菇、马蹄菌等。紫罗兰钉菇的整个菌盖均为紫色，马蹄菌为灰紫色，东方钉菇和紫陀螺菌多带有褐色调或者纯黄褐色。紫罗兰钉菇常常多次分裂形成多个菌盖，而马蹄菌不分裂或少量分裂。紫陀螺菌的菌肉米白色，担孢子较小，有丰富盖生囊状体；东方钉菇菌肉紫色，担孢子较大，盖生囊状体少。
↗参考文献链接：Xue‐Ping Fan et al. 2023. Phylogeny, Taxonomy and Evolutionary Trade-Offs in Reproductive Traits of Gomphoid Fungi (Gomphaceae, Gomphales). Journal of Fungi 9(626)
云南鸡油菌Cantharellus yunnanensis，橙黄鸡油菌C. aurantinus等 在过去，我国的橙色调鸡油菌多半定为鸡油菌C. cibarius本种。事实上，鸡油菌仅在我国北方地区有分布，我国其他地区的“鸡油菌”是其他物种（例如华东地区的主要为橙黄鸡油菌，华南地区的主要为云南鸡油菌等）。
↗参考文献链接：Shi-Cheng Shao et al. 2023. New Insights into the Taxonomy of the Genus Cantharellus in China: Epityfication of C. yunnanensis W.F. Chiu and the First Record of C. cibarius Fr.. Cryptogamie Mycologie 42(3)
Ming Zhang et al. 2021. Multigene Phylogeny and Morphology Reveal Unexpectedly High Number of New Species of Cantharellus Subgenus Parvocantharellus (Hydnaceae, Cantharellales) in China. Journal of Fungi 7(919)
中华黄绒干蘑Xerula sinopudens和硬毛干蘑X. strigosa 干蘑是一类与长根菇近缘，同样拥有假根，但菌柄上有许多直立刚毛的一类蘑菇。我国的许多干蘑物种过去常被鉴定为黄绒干蘑X. pudens这个物种。事实上，这个物种仅在欧洲有分布。我国有分布的物种主要是中华黄绒干蘑（相对黄绒干蘑锁状联合更少，担孢子更大，侧生囊状体壁更薄）和硬毛干蘑（相对黄绒干蘑锁状联合更少，担孢子更长，侧生囊状体顶端壁更薄）。
↗参考文献链接：王岚等. 2008. 狭义干蘑属 (蘑菇目) 概要及新的系统学处理. 云南植物研究 30 (6) : 631～644
巧克力鹅膏（可可鹅膏）Amanita cacina*和假刻鳞鹅膏A. pseudosculpta 长期以来，我国都记载有“刻鳞鹅膏A. sculpta”的分布。刻鳞鹅膏是原描述于新加坡的一个物种。近年来，系统发育学研究发现刻鳞鹅膏可能在我国没有分布，我国的物种是其他近缘但可区分的物种。刻鳞鹅膏的子实体大（达27cm宽），菌盖中部深褐色边缘淡血红色，边缘悬挂有红褐色的菌幕残余，菌柄基部纺锤形或萝卜形膨大，膨大部位被大的疣状鳞片覆盖。巧克力鹅膏的子实体较大（达18cm宽），菌盖幼年白色，成年巧克力褐色，边缘悬挂有白色至淡褐色的菌幕残余，菌柄基部球状膨大，膨大部位被小疣状鳞片覆盖。假刻鳞鹅膏的子实体较大（菌盖16-18cm宽），菌盖幼年黄褐色至淡褐色，成年后颜色更深些，菌盖鳞片大而高（高达1cm），边缘悬挂有白色至褐色菌幕残余，菌柄基部近球状膨大，膨大部位被丛毛状鳞片覆盖。这些物种在显微特征上也有一定差异。
↗参考文献链接：Ting Huang et al. 2023. Notes on Amanita section Validae in Hainan Island, China. Frontiers in Microbiology 13
*非Amanita cacina Tulloss nom. provis.
日本白环蘑Leucoagaricus japonicus等物种 我国有许多菌盖呈红色的白环蘑属物种，这些物种在过去常常被鉴定为红盖白环蘑（染红白环蘑、红鳞白环菇、红褐白环蘑）Leucoagaricus rubrotinctus（=红盖环柄菇Lepiota rubrotincta）。事实上，这是一个在美洲分布的物种。在我国有许多如此颜色菌盖的物种，比较常见的是日本白环蘑。更多物种见此处。
↗参考文献链接：Yunrui Ma et al. 2022. Six New Species of Leucoagaricus (Agaricaceae) from Northeastern China. Diversity 14(5): 314